Selama ini terdapat perdebatan mengenai ada tidaknya SPT Tahunan PPh Pasal 21, karena pada UU KUP yang baru tidak ada ketentuan yang mengatur mengenai SPT Tahunan PPh Pasal 21. Menurut Pasal 3 ayat
(3) UU KUP Nomor 28 tahun 2007 bahwa:
(3) UU KUP Nomor 28 tahun 2007 bahwa:
Batas waktu penyampaian Surat Pemberitahuan adalah:
1. untuk Surat Pemberitahuan Masa, paling lama 20 (dua puluh) hari setelah akhir Masa Pajak;
2. untuk Surat Pemberitahuan Tahunan Pajak Penghasilan Wajib Pajak orang pribadi, paling lama 3 (tiga)
bulan setelah akhir Tahun Pajak; atau
bulan setelah akhir Tahun Pajak; atau
3. untuk Surat Pemberitahuan Tahunan Pajak Penghasilan Wajib Pajak badan, paling lama 4 (empat) bulan setelah akhir Tahun Pajak.
Jadi berdasarkan ketentuan di atas maka jenis SPT Tahunan PPh hanya ada dua yaitu SPT Tahunan PPh Orang Pribadi dan SPT Tahunan PPh Badan, sehingga mulai tahun pajak 2008 SPT Tahunan PPh Pasal 21 seharusnya sudah tidak ada.
Perdebatan terjadi karena Dirjen Pajak telah megeluarkan Peraturan Dirjen Pajak Nomor PER-39/PJ/2008 Tentang Surat Pemberitahuan Tahunan PPh Pasal 21 Tahun 2008 Beserta Petunjuk Pengisiannya. Berdasarkan PER-39/PJ/2008 tersebut maka SPT Tahunan PPh Pasal 21 untuk tahun 2008 masih ada, dan kemungkinan untuk tahun 2009 juga SPT Tahunan PPh Pasal 21 juga masih ada.
Dengan keluarnya Peraturan Menteri Keuangan No. 252/PMK.03/2008, tanggal 31 Desember 2008 tentang Pemotongan Pajak atas Penghasilan Sehubungan dengan Pekerjaan, Jasa, dan Kegiatan Orang Pribadi, maka perdebatan tersebut akan berakhir.
Pasal 13 ayat (5) Peraturan Menteri Keuangan No. 252/PMK.03/2008 mengatur bahwa:
Besarnya PPh Pasal 21 yang harus dipotong untuk masa pajak terakhir adalah selisih antara Pajak Penghasilan yang terutang atas seluruh penghasilan kena pajak selama 1 (satu) tahun pajak atau bagian tahun pajak dengan PPh Pasal 21 yang telah dipotong pada masa-masa sebelumnya dalam tahun pajak yang bersangkutan
Menurut Pasal 1 huruf 27:
Masa Pajak terakhir adalah masa Desember atau masa pajak tertentu dimana pegawai tetap herhenti bekerja .
Selama ini SPT Tahunan PPh Pasal 21 yang dilaporkan paling lambat tanggal 31 Maret tahun berikutnya berfungsi untuk menghitung dan menyetor kekurangan PPh Pasal 21 atas seluruh penghasilan kena pajak dengan PPh Pasal 21 yang telah disetor melalui SPT Masa PPh Pasal 21. Dengan adanya ketentuan Pasal 13 ayat (5) Peraturan Menteri Keuangan No. 252/PMK.03/2008 dimana pada masa pajak terakhir pemotong pajak harus menghitung ulang PPh Pasal 21 yang seharusnya terutang atas seluruh penghasilan selama setahun dan apabila terdapat kekurangan PPh Pasal 21 berdasarkan perhitungan maka kekurangan tersebut harus dilaporkan dan disetor pada SPT masa pajak terakhir (bulan Desember jika pegawai yang bersangkutan masih bekerja, atau bulan terakhir pegawai tersebut bekerja pada suatu perusahaan jika dia berhenti sebelum bulan Desember).
Berdasarkan ketentuan di atas maka dapat dipastikan bahwa SPT Tahunan PPh Pasal 21 tahun mulai tahun 2009 sudah tidak ada.
